Handbrake es un convertidor de codigo abierto y gratuito que está disponible para Windows, Linux y Mac. Handbrake permite convertir videos a MP4 y MKV. Tiene un sistema de preset (preajustes) para diferentes formatos. Ojo al buscarlo por la web porque hay un montón de sitios con malware que se hacen pasar por la web oficial.
El sitio oficial es:
https://handbrake.fr
Marchando un tutorial: